نویسندگان

• مجتبی انوری نژاد
• شهره فرشاد
• عبد الوهاب البرزی
• رضا رنجبر
• مرضیه حسینی

وزارت بهداشت درمان وآموزش پزشکی

چکیده

مقدمه: ژل الکتروفورز در میدان ضربانی (pulsed field gel electrophoresis) یکی از بهترین روش هایی است که برای تیپ بندی و مطالعات اپیدمیولوژی در مناطق مختلف کاربرد دارد. این روش با قدرت تکرارپذیری و افتراق بالایی که دارد برای تمام پاتوژن های انسانی قابل استفاده می باشد. اما این روش بسیار حساس بوده و کوچک ترین تغییری در پارامترهای وابسته به آن باعث عدم نتیجه گیری درست می شود. با توجه به این موارد در مطالعه حاضر سعی شده است با استاندارد سازی بیش تر این روش و برطرف کردن اشکالات تکنیکی موجود در انجام آن به نتایج دقیق تری برای مقایسه سوش های مختلف در مطالعات اپیدمیولوژی دست یافت. روش کار: در تحقیق حاضر در راستای تعیین الگوی ژنتیکی سوش های اشریشیاکلی به وسیله پروتکل ژل الکتروفورز در میدان ضربانی، پارامتر های مختلفی از جمله غلظت DNA موجود در نمونه و رابطه آن با غلظت و طول مدت زمان مورد استفاده برای آنزیم ها مورد بررسی قرار گرفت. یافته ها: پس از بررسی های مختلف، مناسب ترین چگالی نوری (Optical Density) سوسپانسیون باکتریایی در طول موج 610 نانومتر بین 7/0 -6/0 نانومتر، غلظت آنزیم XbaI 150 واحد و زمان مناسب تاثیر آنزیم پروتئیناز K هفت ساعت مشخص شد. بحث و نتیجه گیری: به نظر می رسد که متغیر های مورد استفاده در این مطالعه برای بهینه سازی روش میدان ضربانی از اساسی ترین متغیر ها در راه اندازی یک روش کارآمد می باشند. بنابراین با رعایت نکات گفته شده، این روش ملکولی بیش از گذشته به محققین در مطالعات اپیدمیولوژی و مقایسه بین سوش های مختلف کمک خواهد کرد.

کلیدواژه‌ها

• اشرشیاکلی
• الکتروفورز
• ژل
• میدان ضربانی

عنوان مقاله [English]

Pulsed field gel electrophoresis protocol for typing of uropathogenic Escherichia coli

نویسندگان [English]

• Mojtaba Anvarinejad
• Shohreh Farshad
• vahhab Alborzi
• Reza Ranjbar
• Marzeyeh Hoseini

چکیده [English]

Introduction: Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) is one of the best typing methods which is highly effective in molecular epidemiological studies in different areas. All bacterial isolates are typeable by PFGE and the results are highly reproducible. As this technique is very sensitive and the least variation in the parameter leads to lack of result or false positive, in this study we tried to optimize this method and eliminate the technical problems to obtain accurate results for comparison of different strains in epidemiological studies. Material and Methods: To assess the genotype pattern of Escherichia coli strains by PFGE method, we studied different parameters such as concentration of DNA molecules of the sample and their relationship with the enzymes concentration. Results: After different examinations, the best optical density for bacterial suspension in the wavelength of 610 was found to be within 0.6-0.7 nm and the best concentration of XbaI enzyme was 150 units. The appropriate time for proteinase K effect was 7 hours. Conclusion: It seems that the parameters used in this study are the most essential factors in the establishment of an effective PFGE method. With due attention to this experiment, researchers can use this method more efficiently than before for epidemiologic studies and comparison of different strains.

کلیدواژه‌ها [English]

• Escherichia coli
• electrophoresis
• Gel
• Pulsed Field